Cuando generas el paquete de instalacion, al final el asistente te pregunta por los archivos que seran compartidos, ahi debes seleccionar el archivo de tu aplicacion con extension exe, y lo dejara compartido al momento de instalarlo.
La gracia de las aplicaciones en red, es que debes instalarlos la primera vez en todos los equipos, y dejar el ejecutable en un directorio que lo vean todos los usuarios en la red, por ejemplo, en el drive f:appsmisaplicacionesmiprograma.exe, y modificar el acceso directo despues de la instalacion, al programa de la red. Asi cuando actualices tu programa, solo actualizas el de la red, y no todos los equipos.
Saludos